在古装剧《还珠格格》第三部的尾声里，小燕子的家族谜团终于被解开，她得知父亲的大仇人竟是她口中所称呼的“皇阿玛”——皇帝。这一秘密不但为小燕子、她心爱的永琪、挚友紫薇、尔康和晴儿所共同知晓，小燕子的哥哥萧剑也早已心知肚明。连宫中的权威老佛爷也对此事有所耳闻。
尽管如此，小燕子为了爱情选择忘记往昔恩怨，愿意成为永琪的皇后，虽然每一日，在父仇人面前饰演淑妃角色让她颇感煎熬。然而对于老佛爷而言，小燕子及其兄长萧剑始终代表着潜在的威胁。尤其是萧剑的复仇心思几乎为天下皆知，他对晴儿的影响更是使晴儿开始对老佛爷产生不满。正是基于此，老佛爷坚决拒绝容纳小燕子和萧剑。
不久，永琪在巡游途中邂逅了才华横溢的知画，她的美艳和才艺迅速赢得了老佛爷的青睐。老佛爷乃施机关，盘算让知画取代小燕子的位置，并通过限制萧剑的自由，将他与晴儿隔离开。
老佛爷的计划逐渐展开，利用囚禁萧剑作为威胁牵制小燕子，逼迫她请求永琪纳妾知画。同时威逼晴儿不得再与萧剑有任何往来，继而霸占她的青春。知画与永琪初遇之时便心生好感，深情的舞姿和娇羞的笑容，未曾动摇永琪之心。但在小燕子的乞求下，永琪还是答应了与知画的联姻。
对于知画来说，她的内心矛盾重重，一边渴望纯粹的真爱，一边则在宫廷权谋中曲意逢迎，试图争取最大利益。她勉力搏得小燕子和永琪的悯恻心肠。当永琪为知画因假装怀孕发疼苦而焦虑备至时，小燕子任凭如何辩解，永琪却不复往日信任。
知画最后失去理智、情绪失控的一霎，永琪的心终于死灰。因为无男子愿娶委曲求全的女人。相较之下，即使在江湖中生长的小燕子，于情感世界里，亦不曾如此无理取闹。永琪对知画的演技与心机感到恐惧，他意识到，即使未来能继续共处，也难免要时刻防备她深不可测的动机。
永琪假死脱离宫廷后，知画在孤独与害怕中诉说着自己的爱意，并沉浸在对永琪奇迹归来的无尽期待里，最终等待成空。而由于永琪与小燕子多年无子，老佛爷心中隐忧日深。知画承诺只要自己有了后代，便不再介入永琪与小燕子的生活。在心软之下，永琪容许了此事。然而，随着真实面目的暴露，永琪的失望沉重如山，他与小燕子选择了相对的自由——一起逃离了帝王之都，孑然前往云南大理，与萧剑和晴儿重拾平凡但温馨的生活。
